Sau đây là các suất tham dự AFC Cup 2012 được công bố bởi AFC vào tháng 11 năm 2011.[4][5] Bốn hiệp hội (Yemen, Malaysia, Maldives, Myanmar) với số điểm thấp nhất theo bảng xếp hạng của AFC có một suất vào vòng bảng và một suất vào vòng loại.[4]

• A Khác với các mùa giải trước đây, các đội thua bán kết vòng loại AFC Champions League cũng được tham dự AFC Cup, từ mùa giải 2012 chỉ các đội thua chung kết vòng loại AFC Champions League được tham dự AFC Cup.[4]
• B Kuwait có ba đội tham dự vì Al-Kuwait, đội á quân AFC Cup 2011 không đáp ứng các tiêu Chí cần thiết của AFC để tham dự AFC Champions League 2012, và do đó tự động lọt vào AFC Cup 2012.[4]
• C Bahrain, trong khi đủ điều kiện tham gia AFC Cup, đã chọn không tham dự giải đấu năm 2012.[4]
• D Indonesia chỉ có một đội tham dự vì đội vô địch giải quốc nội của họ tham dự vòng loại AFC Champions League 2012.[4]
• E Malaysia trở lại giải đấu, sau khi không tham dự năm 2011.[6]
• F Myanmar chuyển từ AFC President's Cup lên AFC Cup,[7] và được phê duyệt bởi AFC vào tháng 11 năm 2011,[4] và lần đầu tiên tham dự giải đấu.[5]
• G Sau khi Liêu Ninh Hoành Vận bỏ cuộc và Persipura Jayapura bị loại khỏi AFC Champions League 2012, chỉ còn ba đội, nghĩa là chỉ có một đội thua chung kết vòng loại ACL tham dự AFC Cup ở khu vực Đông Á. Do đó, không thể có vòng loại cho khu vực Đông Á và các đại diện thứ hai của Malaysia (Terengganu) và Myanmar (Ayeyawady United), ban đầu tham dự vòng loại AFC Cup, tự động lọt vào vòng bảng. Persipura Jayapura sau đó đã được trở lại AFC Champions League 2012, nhưng AFC quyết định đội thua trận đấu vòng loại giữa Adelaide United và Persipura Jayapura sẽ không lọt vào vòng bảng AFC Cup 2012.[8]